超级机器人大战 特勤指挥官 The 2nd (PS2模拟器运行）电脑单机

由现在回溯到15年前，在与突然出现的异次元势力MU的战争“MU大战”中完全败北使得我们这个世界上的人们深刻感受到异世界的恐怖。
之后，MU在旧东京设置了绝对防壁，待“TOKYO JUPITER”形成后就进入了沉睡状态。而世界各国依然处于分裂的情况，都将注意力投入到对抗异世界人类的新兵器开放的竞争当中，世界进一步陷入了混乱的局面。
在十年前，这场混乱进一步扩大了。在坠落在太平洋孤岛上的巨大外星人飞船ASS-1所造成的巨大破坏之后，以外星人的超兵器为假想敌，人类制造出各种各样的机动兵器并投入战场。在之后的数年间，扩大化的激烈争夺战不时发生。
战争不断的分裂世界招致了之后的多次新战乱。ZION公国蜂起的“一年战争”、PLANT和地球联邦之间的倾轧，这类流血冲突从没有间断过。
然后，五年前，再次发生了破坏局势平衡的事情。现用兵器攻击完全无效的迷之生命体拟态兽的出现，让各地军队都处于总崩溃中。那些被称为“特机”的巨大人形兵器是唯一对抗他们的手段。
但是，拯救世界的那些特机群却对大多数国家的军工产业造成了威胁。于是就产生了限制特殊机动兵器的法案，通称为“特机法”，运用它来限制特机的生产。
再后来就到了现在，地球新历74年。
在世界垂涎的那些掌握有特机的研究所带动下，构筑在当今稳固的外星人超兵器管理组织之上的，Anti Alien Assembly（对异邦人议会）成立了，缩写为“A3”。它将要直面新战争的开幕……